Lima Colonial
Francisco Pizarro fundó oficialmente la ciudad de Lima, el 18 de enero de 1535, al plantar el rollo (o picota) en el área cercana al río Rímac y destinada a ser la Plaza Mayor. Esta picota era un madero alto que servía como columna para el ajusticiamiento de los condenados. Luego, con la ayuda de tres otros conquistadores (Nicolás de Rivera el Viejo, el Capitán Diego de Agüero y el piloto Francisco Quintero), trazaron las primeras manzanas y calles de la ciudad.
Poco después de la creación de la ciudad, los españoles fueron sitiados por las tropas de Manco Cápac II, uno de los más de 500 hijos de Huayna Cápac, inicialmente aliado de los españoles y coronado Sapa inca por Francisco Pizarro antes de rebelarse contra él. Pero los españoles, aliados con pueblos indígenas, lograron derrotarlas. Poco después y durante varios años, Lima sufrió grandes disturbios por las disputas que ocurrieron entre partidistas de Pizarro y partidistas de Almagro (conquistador español y compañero de Pizarro durante la conquista del país).
Pasados los primeros años de crisis, la ciudad aumentó considerablemente su prestigio al ser reconocida, en 1542, capital del virreinato del Perú nuevamente creado. Por la misma real cédula fue creada en la nueva capital la Real Audiencia de Lima (tribunal de la Corona española y máximo órgano de justicia, los jueces que integraban la Audiencia se llamaban oidores). Un año antes había sido establecida en diócesis de la Iglesia Católica y en 1547 fue convertida en arquidiócesis. La primera iglesia de la ciudad, muy sencilla, fue inaugurada en 1540 y elevada a la categoría de catedral un año después. En 1551 fue establecida la primera universidad del país y la más antigua de América, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos.
Durante los siglos XVI y XVII, y gracias entre otros a la extracción de la plata del Rico Cerro de Potosí, actualmente en Bolivia, Lima se convirtió en la ciudad más importante y poderosa de América del Sur (desde ella se gobernaba al Virreinato del Perú que comprendía a toda la actual América del Sur incluido Panamá, menos Venezuela y una pequeña parte de Brasil). Se convirtió también en el primer centro comercial y cultural del continente. Fueron unos años de prosperidad y opulencia para la ciudad.
Pero esta opulencia y los pesados cargamentos de oro españoles que se dirigían por mar hasta la península ibérica provocaron la codicia. Y durante estos años, Lima fue amenazada constantemente por piratas y corsarios, principalmente holandeses e ingleses. Entre 1684 y 1687 se construyó una muralla entorno de la capital ubicada al sur del río Rímac. Todavía se puede apreciar restos de la antigua muralla en el Parque de la Muralla, a orilla del río en el actual distrito de Cercado de Lima. Años más tarde y por la misma razón, se erigiría la Fortaleza del Real Felipe en el puerto del Callao, que se puede todavía apreciar y visitar en la actualidad.
En 1687, hubo un terrible terremoto que arrasó gran parte de la ciudad y sus alrededores. El desastre fue seguido por epidemias y falta de alimentos que provocaron el descenso de la población de Lima a menos de la mitad de la con la cual contaba algunos años antes. No fue el primero ni el último que sufriría la ciudad (los principales ocurrieron en 1555, 1578, 1586, 1609, 1630, 1655, 1678, 1687, 1746, 1806, 1828, 1904, 1926, 1940, 1966 y 1974) pero fue uno de los más devastadores. Se derrumbaron gran parte de los edificios públicos y de las mansiones. Tampoco se salvaron la torre de la Iglesia de Santo Domingo, los portales de la Plaza Mayor, el Palacio de Gobierno, la Capilla Mayor de San Agustín y la bóveda y el crucero de la Iglesia de San Francisco. Consecuencia del terremoto, un fuerte maremoto, con olas entre los 5 y 10 metros arrasó el puerto del Callao. En total murieron unas 1500 personas. En los meses siguientes brotó en la región una epidemia de peste que asoló también a la capital y triplicó la mortandad ocasionada por los sismos.
En 1746, Lima sufrió el mayor terremoto de su historia y segundo en la historia del Perú. De las 3000 casas que contaba Lima intramuros, sólo quedaron de pie unas 25. Prácticamente todas las iglesias, conventos, monasterios, capillas y hospitales, sufrieron tremendos destrozos o se cayeron al piso. El puerto del Callao fue totalmente destruido por un maremoto provocado por el terremoto. De una población de 5000 personas con la que contaba el puerto antes del sismo, solo sobrevivieron unos 200. En total, entre 15,000 y 20,000 personas murieron en la región. 10000 murieron en Lima, Callao y las villas adyacentes que contaban con apenas 60,000 habitantes en esta época…
Estos dos terremotos obligaron a los gobiernos de la época a un tremendo esfuerzo para reconstruir la capital y su puerto. Pero fue punto de quiebre en la historia de Lima pues coincidió con una recesión en el comercio, el declive de la producción de plata y una mayor competencia económica con ciudades como la vecina Buenos Aires por ejemplo. El desastre de 1746 generó también una intensa devoción hacia una imagen de Cristo conocida como el Señor de los Milagros, que se salvó milagrosamente del seísmo. Esta imagen es sacada en procesión cada octubre desde 1746 en una de las procesiones más importantes del país.
Poco después, en 1766, fue inaugurada la Plaza de Toros de Acho, la más antigua de América y en la actualidad considerada como una de las de mayor prestigio del continente. Se reconstruyo también el paseo de la Alameda de los Descalzos y se construyó el Paseo de Aguas, ambos en el actual distrito de Rímac. La tradición dice que esta última obra fue mandada a realizar por el entonces virrey del Perú Manuel de Amat y Juniet en honor a su amante, la linda Micaela Villegas, de 44 años menos, más conocida como «La Perricholi». El nombre de «Perricholi» vendría de que un día, el propio Virrey le hubiese gritado «perra chola», que en su acento catalán sonó como «perri choli». Nombre con cual los habitantes comenzaron a llamarla. La tradición cuenta que cuando éste le profesó su amor, ella le respondió que lo aceptaría si él pusiera la luna a sus pies, entonces el Virrey mandó construir el Paseo de Aguas, en el cual una amplia fuente reflejaba el cielo. Y en una noche de luna llena, la llevó al borde de dicha fuente, diciéndole «Hoy pongo la Luna a tus pies …».
Pero esta reconstrucción no pudo mascar el declive económico que sufrió Lima desde los desastres de los años anteriores, debido principalmente a la recesión del comercio y el declive de la producción de plata. Lima se vio afectada también por las llamadas «Reformas borbónicas» y perdió su monopolio sobre el comercio exterior. Además perdió el dominio de la importante región minera del Alto Perú (actual Bolivia, en la cual se encontraba el famoso cerro Potosí, rico en plata) que fue transferida al Virreinato del Río de la Plata en 1776.
En los primeros años del siglo XIX, la abdicación del Rey de España impuesta por Napoleón, tuvo una incidencia directa sobre los territorios americanos y entonces, sobre la propia ciudad de Lima. En todo el continente empezaron guerras de independencia. Lima se convirtió en un bastión realista. Una expedición combinada de patriotas argentinos y chilenos dirigidos por el general José de San Martín desembarcó al sur de Lima el 7 de septiembre de 1820, pero no atacaron la ciudad. Enfrentado a un bloqueo naval y a la acción de guerrillas en tierra firme, el virrey José de la Serna se vio forzado a evacuar la ciudad en julio de 1821 para salvar al ejército realista. Temiendo un levantamiento popular y careciendo de recursos para imponer el orden, el consejo de la ciudad invitó a San Martín a entrar en Lima y firmó la Declaración de Independencia el 28 julio.
La guerra se prolongó por dos años más, durante los cuales la ciudad cambió de manos muchas veces y sufrió abusos de ambos bandos. Para cuando la guerra se decidió, el 9 de diciembre de 1824 en la Batalla de Ayacucho, Lima había quedado considerablemente empobrecida.